次氯酸鈉發生器的使用成本與當地的鹽價、電價緊密相關，與成品次氯酸鈉溶液相比，次氯酸鈉發生器制備次氯酸鈉溶液的成本明顯較高，但是次氯酸鈉溶液只在一定時效內具備消毒效果，因此需要綜合考量。
次氯酸鈉發生器目前已經被廣泛用于包括自來水廠、工業循環水、游泳池水、醫院污水等各種水體的消毒，特別是次氯酸鈉發生器生產的次氯酸鈉溶液能應用于工業廢水的氧化處理，且處理效果不錯。

    次氯酸鈉溶液能夠破壞氰根離子和苯環等,有效作用于含氰、高氮氨、電鍍廢水和一些工業重度污染廢水的氧化,以及印染制革、紙漿漂白等難以通過生物氧化處理的廢水中的各種有害物質。在催化劑的作用下，能迅速破壞幾乎所有有機物分子的穩定結構，使之轉變為完全無害的無機物或是易于生化的有機物質，同時，高濃度的次氯酸鈉溶液還可以剝離設備及管道上附著的沾泥。
    次氯酸鈉的投放量需要根據污水中實際的COD含量大小來確定，綜合來說，處理污水使用次氯酸鈉發生器的性價比是比較高的。